Como profundización de los programas de ajuste, los procesos de reformas del Estado ocurriendo en América Latina y el Caribe respondieron al criterio de “menos Estado,” y en toda la región se impulsaron en el Estado procesos concurrentes de descentralización, privatizaciones, desregulación y externalización al sector privado. Igual a otros periodos, las áreas sustantivas de ILPES durante el periodo buscó acompañar a los países en estos procesos bajo el alero de la CEPAL, cuyas publicaciones icónicas El desarrollo Sustentable. Transformación productiva, equidad y medio ambiente (1991) y Transformación productiva con equidad (1996) marcaron el pensamiento sobre el desarrollo durante toda la década.
Durante las décadas de repliegue de la planificación (1980 y 1990), el ILPES, con la CEPAL, mantuvo su discurso sobre la importancia del papel del Estado y promovió la adopción de metodologías sobre planificación estratégica y gestión pública, para apoyar los esfuerzos de los países en el reordenamiento de los equilibrios macroeconómicos y, en el nivel microeconómico; evaluación; políticas y planificación regional y planificación estratégica del desarrollo a nivel local; descentralización fiscal y administrativa, y las nuevas estructuras del Estado hacia estos fines, como también en los procesos de privatización y externalización y los nuevos sistemas y procesos de inversión pública que los acompañaban. Hacia fines de los años noventa, se inician los primeros estudios prospectivos en el Instituto, orientado a apoyar a los países comenzar a planear el desarrollo hacia el futuro. Y frente a los problemas asociados a la globalización y la competitividad, se reflexiona sobre su impacto en el territorio y las estrategias para abordarlo a nivel local a través del desarrollo endógeno y la competitividad territorial.