En las vísperas del nuevo milenio CEPAL plantea la equidad como eje principal para la orientación del desarrollo de los países de la región hacia adelante: es decir, la reducción de la desigualdad en sus múltiples dimensiones -social, económica, cultural, política, tecnológica, territorial-, la vigencia de los derechos económicos, sociales y culturales, y la finalidad de garantizar los derechos de la población como responsabilidad indelegable del Estado. En septiembre del mismo año, los 189 Estados Miembros de las Naciones Unidas firman la Declaración del Milenio, una hoja de ruta de ocho Objetivos de Desarrollo del Milenio, que representan un compromiso de todas las naciones por reducir la pobreza y el hambre, disminuir las enfermedades, la inequidad entre los sexos, enfrentar la falta de educación, la falta de acceso a agua y saneamiento y detener la degradación ambiental.
ILPES acompaña a los países de la región en el tránsito entre la planificación económica hacia la planificación para el desarrollo sostenible , e incorpora técnicas para un proceso de modernización del Estado y una planificación de las políticas públicas con la igualdad en el centro. Las áreas sustantivas del Instituto evolucionan en consecuencia: el enfoque estratégico de gestión del sector público y las políticas presupuestarias, el fortalecimiento de los sistemas de inversión pública, la evaluación de las políticas públicas, y la gestión del desarrollo local y regional. Todo en pos de fortalecer a un Estado más eficiente, proactivo, eficaz y con la ciudadanía en el centro de su accionar.
Hacia el final del periodo, aunque con progresos favorables en crecimiento, empleo y reducción de la pobreza y de la desigualdad, y en un contexto de consolidación de la democracia, de aumento de ingresos y gastos públicos y de fortalecimiento de la capacidad de la gestión pública, las brechas de desarrollo siguían siendo considerables y desafiantes en los países de la región. En esta coyuntura, la CEPAL aboga una nueva ecuación entre el Estado, el mercado y la sociedad para transformar el progreso exhibido en los países, en un proceso duradero que apuntaba a un desarrollo sostenible incluyente y con la igualdad en el centro del diseño de las políticas públicas. Para lograr esto, el ejercicio de la planificación se reposiciona para guiar y formular políticas de Estado que tengan horizontes de largo plazo, construidos en forma participativa en torno a una agenda común de desarrollo. ILPES participa activamente en apoyar estos procesos, a través de estudios, asesorías, actividades de formación y la creación de un repositorio de planes de desarrollo de todos los países de América Latina y el Caribe.