À medida que se aprofundavam os programas de ajuste, os processos de reforma do Estado na América Latina e no Caribe responderam ao critério de “menos Estado”, e em toda a região foram promovidos processos simultâneos de descentralização, privatização, desregulamentação e terceirização do Estado ao setor privado. Como em outros períodos, as áreas substantivas do ILPES no período buscaram acompanhar os países nesses processos sob a égide da CEPAL, cujas publicações icônicas El desarrollo Sustentable. Transformación productiva, equidad y medio ambiente (1991) e Transformación productiva con equidad (1996) marcaram o pensamento desenvolvimentista ao longo da década.
Durante as décadas de afastamento do planejamento (1980 e 1990), o ILPES, juntamente com a CEPAL, manteve seu discurso sobre a importância do papel do Estado e promoveu a adoção de metodologias de planejamento estratégico e gestão pública, para apoiar os esforços do países no reordenamento dos equilíbrios macroeconômicos e, no nível microeconômico; avaliação; políticas e planejamento regional e planejamento estratégico do desenvolvimento ao nível local; descentralização fiscal e administrativa, e as novas estruturas do Estado para esses fins, bem como nos processos de privatizações e externalizações e nos novos sistemas e processos de investimento público que os acompanharam. No final da década de 1990, começaram os primeiros estudos prospectivos no Instituto, com o objetivo de apoiar os países a começar a planejar o desenvolvimento para o futuro. E face aos problemas associados à globalização e à competitividade, reflete-se sobre o seu impacto no território e as estratégias para o enfrentá-los no nível local por meio do desenvolvimento endógeno e da competitividade territorial.