Às vésperas do novo milênio, a CEPAL propõe a equidade como eixo principal para orientar o desenvolvimento dos países da região para adiante: ou seja, a redução da desigualdade em suas múltiplas dimensões - social, econômica, cultural, política, tecnológica, territorial -, a validade dos direitos econômicos, sociais e culturais, e a finalidade de garantir os direitos da população como responsabilidade indelegável do Estado. Em setembro do mesmo ano, os 189 Estados Membros das Nações Unidas assinam a Declaração do Milênio, um roteiro de oito Objetivos de Desenvolvimento do Milênio, que representaram um compromisso de todas as nações para reduzir a pobreza e a fome, reduzir as doenças, a desigualdade entre os sexos, abordar a falta de educação, a falta de acesso à água e saneamento, e deter a degradação ambiental.
O ILPES acompanha os países da região na transição do planejamento econômico para o planejamento do desenvolvimento sustentável e incorpora técnicas para um processo de modernização do Estado e planejamento de políticas públicas com equidade no centro. Nesse sentido, evoluem as áreas substantivas do Instituto: a abordagem estratégica da gestão do setor público e das políticas orçamentárias, o fortalecimento dos sistemas de investimento público, a avaliação das políticas públicas e a gestão do desenvolvimento local e regional. Tudo em busca do fortalecimento de um Estado mais eficiente, proativo e eficaz, com a cidadania no centro de suas ações.
No final do período, embora com avanços favoráveis no crescimento, emprego e redução da pobreza e da desigualdade, e em um contexto de consolidação da democracia, aumento da receita e do gasto público e fortalecimento da capacidade de gestão, as lacunas de desenvolvimento permaneceram consideráveis e desafiadoras nos países da região. Nessa conjuntura, a CEPAL defende uma nova equação entre Estado, mercado e sociedade para transformar o progresso exibido nos países em um processo durador que apontasse para um desenvolvimento sustentável inclusivo e com igualdade no centro do desenho das políticas públicas. Para isso, o exercício do planejamento é reposicionado para orientar e formular políticas de Estado com horizontes de longo prazo, construídas de forma participativa em torno de uma agenda comum de desenvolvimento. O ILPES participa ativamente no apoio a esses processos, por meio de estudos, consultorias, atividades de capacitação e a criação de um repositório de planos de desenvolvimento de todos os países da América Latina e do Caribe.