A história de Raúl Prebisch e a da CEPAL como instituição estão estreitamente vinculadas. Prebisch entrou na CEPAL pouco após a sua criação, em 1948 e, ao redigir, em 1949, o que posteriormente ficaria conhecido como o Manifesto da CEPAL, viria a marcar a pauta da reflexão teórica das décadas seguintes e lideraria o trabalho de alguns dos intelectuais latino-americanos mais brilhantes da época, os quais havia conseguido atrair para a instituição.
Em 1962, quando passou a presidir a Conferência das Nações Unidas sobre Comércio e Desenvolvimento (UNCTAD), mais que um afastamento, foi a conquista de um campo que permitiria uma maior propagação das ideias e das políticas que vinham sendo formuladas e promovidas a partir da CEPAL. Ao fim da década de 1960, retorna à CEPAL para dirigir o atual Instituto Latino-Americano e do Caribe de Planejamento Econômico e Social (ILPES) e, em seguida, cria e dirige a Revista da CEPAL, espaço por meio do qual retoma a reflexão teórica até sua morte, em 1986.
Prebisch entrou na CEPAL em 1949, pouco após a sua criação, em 1948, e, desse momento até sua morte, em 1986, a relação entre a instituição e a pessoa foi bastante estreita: Prebisch se identificava inteiramente com a CEPAL e esta com as ideias dele e de um grupo de colaboradores muito próximos. Foi ele quem redigiu o documento seminal “O desenvolvimento econômico da América Latina e seus principais problemas”, o qual, posteriormente, ficou conhecido como o Manifesto da CEPAL e assentou as bases do enfoque centrado nas particularidades do desenvolvimento dos países da periferia do sistema mundial, especializados na produção de matérias-primas e alimentos.
Prebisch concebeu a CEPAL como um centro para a pesquisa e a formulação de políticas de desenvolvimento para a América Latina, profundamente arraigado nas problemáticas específicas da região, um lugar que pudesse acolher intelectuais e estadistas que não encontrassem espaço adequado para se inserirem em universidades e outros centros de estudo da região e dos países industrializados.
Prebisch esteve à frente da CEPAL no seu início e ao longo de mais de uma década de intensa atividade, bastante vigor intelectual e grande empenho de energia nas propostas de políticas. Durante esse período, a CEPAL estabeleceu uma sólida posição como referência na região e, até mesmo, fora dela. Suas ideias tiveram uma notável influência sobre as políticas aplicadas em vários países latino-americanos, embora sempre de maneira bastante diversa e determinada pelas condições econômicas, sociais, políticas e culturais específicas de cada caso. Também foi considerável o efeito que a CEPAL provocou na formação de recursos humanos para a gestão pública e para a implementação dos sistemas estatísticos e de planejamento nacionais.
Prebisch e a CEPAL também se envolveram ativamente nos diversos processos de construção de instituições supranacionais, em especial nas iniciativas levadas a cabo para promover a integração econômica regional. Em uma primeira etapa, a CEPAL deu mais ênfase aos problemas das relações externas e à inserção internacional da região, para pouco depois concentrar-se intensamente na necessidade de alcançar a integração latino-americana e, assim, superar a estreiteza dos mercados internos e fortalecer politicamente a região. Contudo, já na década de 1960, a análise dos problemas estruturais, econômicos e sociais internos de diferentes matizes foi ganhando terreno nas suas preocupações, estudos e políticas.
Ao ausentar-se temporariamente da CEPAL, em 1963, para assumir a presidência da Conferência das Nações Unidas sobre Comércio e Desenvolvimento (UNCTAD), Prebisch, mais que do isolar-se, conquistou um campo que permitiria uma maior propagação e promoção das ideias e das políticas em gestação na CEPAL. Além disso, pode-se argumentar que a própria criação da UNCTAD foi possível, em grande parte, graças ao trabalho empreendido pela CEPAL nos anos anteriores.
Após sua passagem pela UNCTAD, Prebisch retornou à CEPAL para encarregar-se, com grande energia, da direção do agora chamado Instituto Latino-Americano e do Caribe de Planejamento Econômico e Social (ILPES), organismo de pesquisa e capacitação que faz parte da CEPAL. Ademais manteve seu vínculo como assessor da CEPAL.
Em 1976, criou a Revista da CEPAL, da qual foi editor até sua morte. Essa publicação serve até os dias de hoje como fórum acadêmico para o debate de ideias geradas na CEPAL e a disseminação dos trabalhos de pesquisadores sobre enfoques, estratégias e políticas que contribuam para o desenvolvimento com igualdade na região.